朝阳基因变异遗传分析与解读系统

sunburst genetic analysis and interpretation platform

朝阳解读系统是深圳华大基因股份有限公司针对人类基因组测序分析检测出的变异情况进行解读的专用系统。系统基于国际广泛认可的ACMG变异指南完成自动化变异位点致病性判定并生成报告,用更低的人工成本,获得更高的阳性检出效率。

自动化分析与解读

支持VCF文件上传,并新建填写样本临床数据。系统可一键自动化完成VCF文件的分析注释,变异书写遵循HGVS命名规则。同时使用华大自研算法与知识模型,依据ACMG指南对遗传变异进行全自动化深度解读。

VCF位点过滤标准

基因范围

OMIM数据库中有明确基因-疾病报道

变异范围

ClinVar报道为已知致病/疑似致病以及自动化流程判读为已知致病/疑似致病/意义未明低频的变异

变异类型

烈性突变、错义突变、indel、同义突变、intron±20bp 等

多知识库辅助解读

平台内整合了HPO表型数据库、ClinVar致病数据库、OMIM基因和疾病数据库、千人基因组、ExAC、gnomAD、dbSNP等近20多个数据库,对变异进行全面注释。

为ACMG指南28项证据中的10项人工打分证据提供了打分修改功能。用户可以在自动化解读结果的基础上修改或添加新的证据,对变异进行重新分类。

支持多种检测产品

1
单样本全外显子检测

对患者单样本全外显子数据进行分析,定位致病变异。

2
家系trio(经典/非经典)全外显子检测

对患者及其父母、亲属的全外显子数据进行合并分析,定位致病变异。

3
遗传病携带者筛查

对无症状的正常受检者进行全外显数据进行分析,确定受检者致病位点携带情况。

4
指定基因范围

对患者数据进行指定基因范围的筛选、分析、解读。

智能算法-NLP

病历自然语言处理(NLP)深度整合了华大内部顶级的NLP技术,依托百万级中文病历语料积累,提供以下智能文本处理能力,包括CHPO关键词提取、表型近义词匹配、疾病实体识别、智能否定词查找、黑名单管理等。可广泛应用于疾病诊断、基因排序等场景,满足医疗行业的文本智能需求。

智能算法-基因排序

遗传解读受制于周期长、成本高等特点,培养更多的遗传分析工程师这杯”远水”解不了近渴。近几年基因测序成本急剧下降,DNA检测业务大幅度增长,供给跟不上需求。而基因排序算法、位点排序算法等环节所表现出的降本增效能力,可以将遗传分析工程师从繁重的查找致病基因、位点的重复性的劳动中解救出来,使他们专注于更有价值的事情。该算法top20的查全率高达90%,借助该算法,可使解读效率提高60-80%。

全自动化报告生成

确定受检者变异后,可同时自动生成word和PDF格式临床报告。一键报告生成极大减少报告撰写所耗人工,节省临床≥95%的操作时间,降低解读报告工作的复杂度及难度。